国家中医药管理局和地方卫生健康委员会。
国家中医药管理局是全国中医医疗、教学、科研、管理等方面的最高管理机构，负责制定和实施国家中医药发展战略和政策，指导和监督全国中医药工作，国家中医药管理局下设多个司局，其中有一个专门负责中医教育和培训的司局，负责中医专业学位研究生教育、中医师承教育、住院医师规范化培训等项目的实施和管理，国家中医药管理局也是中医专长证书的发放机构之一。
地方卫生健康委员会则是地方政府设立的卫生行政管理部门，负责本地区的卫生健康工作，在地方层面，卫生健康委员会会与中医药管理部门合作，共同推进中医药事业的发展，地方卫生健康委员会也会承担中医专长证书的发放工作，具体由其下属的中医药管理部门来执行。
中医专长证书的发放是由国家中医药管理局和地方卫生健康委员会共同进行的，这两个机构分别负责国家级和地方级的中医教育和培训工作，确保中医专业人才的培养和认证工作的顺利进行。
