主治医师证的发放部门通常由国家卫生健康委员会（National Health Commission）负责，在中华人民共和国，卫生行政部门负责医生执业资格的认证和管理工作，包括颁发各类医疗执业证书。
根据《中华人民共和国医师法》和相关医疗执业法规，医生需要通过国家医师资格考试并取得执业医师资格证书后，方可从事临床医疗工作，获得执业医师资格后，还需要通过定期考核，确保医生持续提供高质量的医疗服务。
具体到主治医师的执业证书，它是由国家卫生健康委员会下属的各级卫生行政部门颁发的，在省级层面，由省级卫生健康委员会（如广东省卫生健康委员会、上海市卫生健康委员会等）负责；在市级层面，则由市级卫生健康委员会（如广州市卫生健康委员会、上海市黄浦区卫生健康委员会等）负责；而在区县级层面，一般由区县卫生健康局或其下属的医疗机构管理办公室负责。
一些地方还可能设有专门的医疗机构，如医院、诊所等，它们也可能会负责主治医师证的发放工作，这些机构通常会与上级卫生行政部门合作，确保执业医师符合标准和要求。
需要注意的是，随着中国政府对医疗体系的改革和发展，相关的管理制度和职责可能会有所调整，在具体操作时，建议咨询当地的卫生行政部门或相关部门以获取最准确和最新的信息。
